本學會係以非營利為目的的學術或社會團體,其宗旨在推動魚類之系統分類、演化、生態、生理、行為、形態、遺傳、發生及保育的基礎研究與復育工作,促進產、官、學與社會各界之交流與合作,將研究成果提供社會各界之查詢及使用,提昇台灣有關魚類學之研究、教育之水準,並致力於魚類的保育及永續利用。
本會係於1999年3月13日於台大動物系正式成立,會中選出沈世傑、邵廣昭、莫顯蕎、丘台生、方力行、郭欽明、黃鵬鵬、曾萬年、陳哲聰九名理事,李信徹、陳正平及陳春暉三名為監事,並於次日推選台大動物系之名譽教授沈世傑先生擔任第一任理事長,沈世傑、邵廣昭及莫顯蕎三人為常務理事,並委請清大生科系曾晴賢為執行秘書。同時亦舉行了〝魚類系統分類、生態及生理國際研討會及研習會〞。
2001年之年會集論文發表會則是在9月2日於海生館舉行,同時改選理監事,由沈世傑等九位理事(沈世傑、邵廣昭、莫顯蕎、丘台生、方力行、曾晴賢、黃鵬鵬、曾萬年、陳哲聰)當選。同年9月29日在第二屆第一次理監事會中選出邵廣昭、方力行及沈世傑三人為常務理事並推選邵廣昭接任第二屆理事長,負責籌辦「第七屆印度太平洋魚類學國際會議」及「第一屆海峽兩岸魚類學研討會」。
2002年度至2004年度之年會及論文發表會則分別在2002年6月26-27日、2003年9月20日、2004年9月10日於台大生命科學館舉行,並頒發口頭與壁報論文競賽獎,所有年會之會議紀錄及研討會之摘要均置於學會之網站上供公開參閱(http://www.twichthyology.org/)。
2004年之年會中再度改選第三屆理監事,分別由邵廣昭等九位理事(沈世傑、陳哲聰、曾萬年、曾晴賢、黃鵬鵬、陳麗淑、莫顯蕎、方力行)當選,及李信徹、陳義雄、陳正平等三位監事當選,2003年10月31日之理監事會議中選出由邵廣昭續任,並請海大倪怡訓教授擔任秘書長,努力推動會務與籌辦國際會議。
2004年之年會中再度改選第四屆理監事,分別由曾晴賢等九位理事(沈世傑、陳哲聰、曾萬年、曾晴賢、黃鵬鵬、陳麗淑、莫顯蕎、邵廣昭)當選,及李信徹、陳義雄、陳正平等三位監事當選,2007年10月1日之理監事會議中選出由曾晴賢接任,之後委請楊正雄擔任學會秘書長,黃貞瑜小姐擔任行政秘書,協助行政與聯繫工作,努力持續推動會務會議。
本會目前共有224位會員,會員主要係來自學界的研究同仁及研究生等。學會主要收入係來自會費,(個人會員入會費1000元、年費500元;學生會員入會費500元、年費200元),部份收入來自承接研究計劃之委託案之行管費收入。目前會務推動良好,未來將加強與中國魚類學會及國外魚類學研究機構、組織或資料庫之魚庫(FishBase)之加強合作。
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